Tzv. vědecké kavárny, poskytují prostor pro neformální diskuse o zajímavých a často i provokativních otázkách, které jsou relevantní jak z hlediska vědy, tak z hlediska společnosti. Odehrávají se v neakademických prostorách, např. v kavárnách, barech či restauracích. Od běžných veřejných přednášek se odlišují především v tom, že poskytují prostor pro vyjádření nejen vědcům, ale všem, kdo na science café přijdou, tedy i úplným laikům. Jak se uvádí na stránkách The Cafe Scientifique Network, neoficiální celosvětové sítě vědeckých kaváren, „Vědecká kavárna je prostorem pro diskusi o vědeckých otázkách, nikoliv výkladní skříní vědy. Naším (organizátorů vědeckých kaváren) cílem je podporovat spolupráci vědy a veřejnosti a usilovat o to, aby věda byla veřejně vykazatelná.“
Debaty ve vědeckých kavárnách začínají obyčejně krátkým příspěvkem hlavního hosta, jímž může být jak vědec, tak např. novinář píšící o vědě či jinak zainteresovaný odborník, který představí dané téma. Následná diskuse je otevřená pro všechny typy příspěvků, tedy nejen pro tradiční otázky na hlavního hosta, ale i pro vlastní diskusní příspěvky ostatních přítomných.
První vědeckou kavárnu zorganizoval Duncan Dallas v britském Leedsu v roce 1998. Navázala tak na již šest let probíhající francouzské „filosofické kavárny“ (Café Philosophique), o jejichž vznik se zasloužil filosof Marc Sautet. V současné době probíhají pravidelné vědecké kavárny na mnoha místech celého světa, včetně několika měst v České republice. Zelený kruh uspořádal v minulých letech více jak 30 takových setkání .